Une chercheuse Sénégalaise se forme à l’analyse d’images sur la plateforme MicroPIcell

Les travaux de recherche de la chercheuse Khady Diouf* portent, entre autres, sur la Biologie et l’Écologie des poissons. Le projet financé par France-BioImaging et conçu en partenariat avec Perrine Paul-Gilloteaux et Anatole Chessel du Noeud Paris Sud est intitulé « Étude de la forme de l'otolithe comme outil de détermination de la structure des stocks de la sole (Cynoglossus senegalensis) par ImageJ : vers une gestion durable des ressources halieutiques ». 

Les otolithes de sole sénégalaise : utiles pour étudier leurs stocks

La sole sénégalaise est très prisée par les populations pour sa chair fine. Elle est exploitée par les pêcheries artisanales et industrielles. Cependant les stocks de cette espèce sont dans une phase critique car lourdement exploités. Il s’avère donc nécessaire d’avoir des données biologiques qui puissent appuyer la mise en place de plans de gestions durable de cette espèce. La variation de la forme des otolithes (structures calcifiées de l’oreille interne) des poissons s'est avérée être un outil utile pour déceler l’existence ou non de stocks différents. Bien qu'elle conserve ses caractéristiques taxonomiques uniques, la forme des otolithes peut varier en fonction de facteurs environnementaux et génétiques disparates ou de différences dans l'état corporel ou la croissance. Khady Diouf a donc choisi d’étudier le potentiel de connectivité à la fois entre les populations le long de la zone d'étude qu’est la côte Sénégalaise et plus tard le long de la côte ouest-africaine.

MicroPICell, une plateforme experte en analyse d'images s'adaptant aux besoins des scientifiques

Les scientifiques ont observé au microscope plus d’une centaine d’otolithes, puis enregistré chacune des images générées. Khady Diouf souhaite désormais standardiser et automatiser l’analyse de ces images grâce au logiciel gratuit ImageJ.

C’est tout naturellement que la plateforme MicroPICell s’est révélée être une collaboratrice de grande qualité. Elle dispose d’un parc d’équipements de microscopie de pointe, d’un service d’analyse d’image et d’une grande expérience de formation, en biologie santé mais également en biologie marine. Un troisième collaborateur est intervenu, Anatole Chessel (Maître de Conférence Laboratoire d'optique et biosciences École polytechnique), qui a apporté au projet son expertise sur l’analyse d’images d’otolithes

Cette collaboration a permis à Khady Diouf de :

1. mettre au point des analyses directement reproductibles sur les équipements de son laboratoire de biologie marine de l’Institut Fondamental d’Afrique noire Cheikh Anta Diop.
2. Se former à l’analyse d’image et à la co-construction des macros d’analyse
3. Produire de nouvelles connaissances scientifiques
4. De recueillir les éléments lui permettant, à son retour à Dakar, de former ses collaborateurs

*Khady Diouf, PhD dirige le laboratoire de biologie marine de l’Institut Fondamental d’Afrique noire Cheikh Anta Diop à Dakar.

© photo 1 : P.Paul-Gilloteaux et K.Diouf / NU
© photo 2 : Analyse des images par P.Paul-Gilloteaux et K.Diouf / NU